\relax 
\providecommand\hyper@newdestlabel[2]{}
\catcode `:\active 
\catcode `;\active 
\catcode `!\active 
\catcode `?\active 
\providecommand\HyperFirstAtBeginDocument{\AtBeginDocument}
\HyperFirstAtBeginDocument{\ifx\hyper@anchor\@undefined
\global\let\oldcontentsline\contentsline
\gdef\contentsline#1#2#3#4{\oldcontentsline{#1}{#2}{#3}}
\global\let\oldnewlabel\newlabel
\gdef\newlabel#1#2{\newlabelxx{#1}#2}
\gdef\newlabelxx#1#2#3#4#5#6{\oldnewlabel{#1}{{#2}{#3}}}
\AtEndDocument{\ifx\hyper@anchor\@undefined
\let\contentsline\oldcontentsline
\let\newlabel\oldnewlabel
\fi}
\fi}
\global\let\hyper@last\relax 
\gdef\HyperFirstAtBeginDocument#1{#1}
\providecommand\HyField@AuxAddToFields[1]{}
\providecommand\HyField@AuxAddToCoFields[2]{}
\select@language{french}
\@writefile{toc}{\select@language{french}}
\@writefile{lof}{\select@language{french}}
\@writefile{lot}{\select@language{french}}
\@writefile{toc}{\contentsline {section}{\numberline {1}Introduction}{4}{section.1}}
\citation{taxonomy}
\@writefile{toc}{\contentsline {section}{\numberline {2}Pr\IeC {\'e}sentation du projet}{5}{section.2}}
\@writefile{toc}{\contentsline {subsection}{\numberline {2.1}Contexte biologique}{5}{subsection.2.1}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {1}{\ignorespaces Rangs taxonomiques dans la classification de Linn\IeC {\'e} 1735}}{5}{figure.caption.4}}
\providecommand*\caption@xref[2]{\@setref\relax\@undefined{#1}}
\newlabel{rang_taxo}{{1}{5}{Rangs taxonomiques dans la classification de Linné 1735}{figure.caption.4}{}}
\citation{ncbi}
\@writefile{toc}{\contentsline {subsection}{\numberline {2.2}Base de donn\IeC {\'e}es de la taxonomie}{6}{subsection.2.2}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {2}{\ignorespaces  Vue graphique de la base de donn\IeC {\'e}es du NCBI \IeC {\`a} partir du taxon Metazoa\relax }}{6}{figure.caption.5}}
\newlabel{ncbi}{{2}{6}{Vue graphique de la base de données du NCBI à partir du taxon Metazoa\relax }{figure.caption.5}{}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {3}{\ignorespaces Aper\IeC {\c c}u de la base de donn\IeC {\'e}e du NCBI}}{6}{figure.caption.6}}
\newlabel{tree}{{3}{6}{Aperçu de la base de donnée du NCBI}{figure.caption.6}{}}
\citation{bdd}
\citation{complet}
\citation{bdd}
\@writefile{toc}{\contentsline {subsection}{\numberline {2.3}Probl\IeC {\`e}matique}{7}{subsection.2.3}}
\@writefile{toc}{\contentsline {section}{\numberline {3}Travail r\IeC {\'e}alis\IeC {\'e}}{8}{section.3}}
\@writefile{toc}{\contentsline {subsection}{\numberline {3.1}Construction de la base de donn\IeC {\'e}e}{8}{subsection.3.1}}
\@writefile{toc}{\contentsline {subsubsection}{\numberline {3.1.1}R\IeC {\'e}cup\IeC {\'e}ration des donn\IeC {\'e}es du NCBI}{8}{subsubsection.3.1.1}}
\newlabel{requetesection}{{3.1.1}{8}{Récupération des données du NCBI}{subsubsection.3.1.1}{}}
\newlabel{acc}{{3.1.1}{8}{Récupération des données du NCBI}{subsubsection.3.1.1}{}}
\@writefile{lol}{\contentsline {lstlisting}{[}{8}{lstlisting.-1}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {4}{\ignorespaces  Code Perl pour l'initialisation du module EUtilities\relax }}{8}{figure.caption.7}}
\newlabel{init}{{4}{8}{Code Perl pour l'initialisation du module EUtilities\relax }{figure.caption.7}{}}
\citation{complet}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {5}{\ignorespaces  Code Perl simplifi\IeC {\'e} pour la r\IeC {\'e}cup\IeC {\'e}ration donn\IeC {\'e}es\relax }}{9}{figure.caption.8}}
\newlabel{requete}{{5}{9}{Code Perl simplifié pour la récupération données\relax }{figure.caption.8}{}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {6}{\ignorespaces  Requ\IeC {\^e}te par d\IeC {\'e}faut\relax }}{9}{figure.caption.9}}
\newlabel{requete2}{{6}{9}{Requête par défaut\relax }{figure.caption.9}{}}
\@writefile{toc}{\contentsline {subsubsection}{\numberline {3.1.2}Construction de la base de donn\IeC {\'e}e locale}{9}{subsubsection.3.1.2}}
\newlabel{contruc}{{3.1.2}{9}{Construction de la base de donnée locale}{subsubsection.3.1.2}{}}
\@writefile{toc}{\contentsline {paragraph}{Pr\IeC {\'e}sentation de la structure arborescente locale}{9}{section*.10}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {7}{\ignorespaces  Nombre de g\IeC {\'e}nomes du taxon Metazoa et ses fils\relax }}{10}{figure.caption.11}}
\newlabel{tree2}{{7}{10}{Nombre de génomes du taxon Metazoa et ses fils\relax }{figure.caption.11}{}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {8}{\ignorespaces  Exemple de la structure de la BDD locale\relax }}{10}{figure.caption.12}}
\newlabel{tr}{{8}{10}{Exemple de la structure de la BDD locale\relax }{figure.caption.12}{}}
\newlabel{generation}{{3.1.2}{10}{Génération des dossiers}{section*.13}{}}
\@writefile{toc}{\contentsline {paragraph}{G\IeC {\'e}n\IeC {\'e}ration des dossiers}{10}{section*.13}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {9}{\ignorespaces Code Perl simplifi\IeC {\'e} pour le comptage du nombre de g\IeC {\'e}nome}}{11}{figure.caption.14}}
\newlabel{comptageGenome}{{9}{11}{Code Perl simplifié pour le comptage du nombre de génome}{figure.caption.14}{}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {10}{\ignorespaces Code Perl simplifi\IeC {\'e} pour la construction de la base de donn\IeC {\'e}es locale}}{12}{figure.caption.15}}
\newlabel{construction}{{10}{12}{Code Perl simplifié pour la construction de la base de données locale}{figure.caption.15}{}}
\citation{newick}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {11}{\ignorespaces Exemple de format newick et l'arbre associ\IeC {\'e}}}{13}{figure.caption.16}}
\newlabel{nwk}{{11}{13}{Exemple de format newick et l'arbre associé}{figure.caption.16}{}}
\@writefile{toc}{\contentsline {subsubsection}{\numberline {3.1.3}Gestion des donn\IeC {\'e}es}{13}{subsubsection.3.1.3}}
\newlabel{generate}{{3.1.3}{13}{Gestion des données}{subsubsection.3.1.3}{}}
\@writefile{toc}{\contentsline {paragraph}{G\IeC {\'e}n\IeC {\'e}ration des donn\IeC {\'e}es genbank}{13}{section*.17}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {12}{\ignorespaces  Exemple de fichier "chemin: liste d'accession"\relax }}{14}{figure.caption.18}}
\newlabel{resultatS}{{12}{14}{Exemple de fichier "chemin: liste d'accession"\relax }{figure.caption.18}{}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {13}{\ignorespaces Code Perl pour la g\IeC {\'e}n\IeC {\'e}ration des fichiers genbanks}}{14}{figure.caption.19}}
\newlabel{genbank}{{13}{14}{Code Perl pour la génération des fichiers genbanks}{figure.caption.19}{}}
\@writefile{toc}{\contentsline {paragraph}{Extraction des donn\IeC {\'e}es}{15}{section*.20}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {14}{\ignorespaces Foramt fasta}}{15}{figure.caption.21}}
\newlabel{fasta}{{14}{15}{Foramt fasta}{figure.caption.21}{}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {15}{\ignorespaces Exemple de fichier alias\relax }}{15}{figure.caption.22}}
\newlabel{listconf}{{15}{15}{Exemple de fichier alias\relax }{figure.caption.22}{}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {16}{\ignorespaces  Code Perl simplifi\IeC {\'e} pour l'extraction des g\IeC {\`e}nes et prot\IeC {\'e}ines d\IeC {\'e}finis dans le fichier de configuration\relax }}{16}{figure.caption.23}}
\newlabel{extract}{{16}{16}{Code Perl simplifié pour l'extraction des gènes et protéines définis dans le fichier de configuration\relax }{figure.caption.23}{}}
\citation{autre}
\citation{kmer}
\@writefile{toc}{\contentsline {subsection}{\numberline {3.2}Apprentissage et Classification}{17}{subsection.3.2}}
\newlabel{partie_classi}{{3.2}{17}{Apprentissage et Classification}{subsection.3.2}{}}
\@writefile{toc}{\contentsline {subsubsection}{\numberline {3.2.1}Comptage des K-mots}{17}{subsubsection.3.2.1}}
\@writefile{toc}{\contentsline {paragraph}{Principe du comptage}{17}{section*.24}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {17}{\ignorespaces Exemple de comptage 2-mers avec le pattern \#\#}}{17}{figure.caption.25}}
\newlabel{2mer}{{17}{17}{Exemple de comptage 2-mers avec le pattern \#\#}{figure.caption.25}{}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {18}{\ignorespaces Comptage 2-mers avec le pattern \#\_\#}}{18}{figure.caption.26}}
\newlabel{2mer-espace}{{18}{18}{Comptage 2-mers avec le pattern \#\_\#}{figure.caption.26}{}}
\@writefile{toc}{\contentsline {paragraph}{Algorithme de comptage}{18}{section*.28}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {19}{\ignorespaces  Code C simplifi\IeC {\'e} pour le comptage de k-mer\relax }}{19}{figure.caption.29}}
\newlabel{comptage}{{19}{19}{Code C simplifié pour le comptage de k-mer\relax }{figure.caption.29}{}}
\@writefile{toc}{\contentsline {subsubsection}{\numberline {3.2.2}Apprentissage statistique}{19}{subsubsection.3.2.2}}
\@writefile{toc}{\contentsline {paragraph}{Pr\IeC {\'e}sentation de WEKA}{19}{section*.30}}
\@writefile{toc}{\contentsline {paragraph}{Format Weka (format d'entr\IeC {\'e}e)}{20}{section*.31}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {20}{\ignorespaces Fichier arff donn\IeC {\'e} en entr\IeC {\'e}e \IeC {\`a} Weka}}{21}{figure.caption.32}}
\newlabel{fichierweka0}{{20}{21}{Fichier arff donné en entrée à Weka}{figure.caption.32}{}}
\@writefile{toc}{\contentsline {paragraph}{Int\IeC {\'e}r\IeC {\^e}t de son utilisation dans le projet}{21}{section*.33}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {21}{\ignorespaces  Vue graphique de la classification\relax }}{22}{figure.caption.34}}
\newlabel{cluster}{{21}{22}{Vue graphique de la classification\relax }{figure.caption.34}{}}
\@writefile{toc}{\contentsline {subsection}{\numberline {3.3}Applications}{23}{subsection.3.3}}
\@writefile{toc}{\contentsline {subsubsection}{\numberline {3.3.1}Validation crois\IeC {\'e}e}{23}{subsubsection.3.3.1}}
\newlabel{inconnu}{{3.3.1}{23}{Validation croisée}{subsubsection.3.3.1}{}}
\@writefile{toc}{\contentsline {subsubsection}{\numberline {3.3.2}R\IeC {\'e}sulats}{23}{subsubsection.3.3.2}}
\@writefile{toc}{\contentsline {paragraph}{Hexapoda}{24}{section*.35}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {22}{\ignorespaces  Vue arborescente au niveau Hexapoda\relax }}{24}{figure.caption.36}}
\newlabel{hexapoda}{{22}{24}{Vue arborescente au niveau Hexapoda\relax }{figure.caption.36}{}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {23}{\ignorespaces  Fichier d'apprentissage pour les hexapodes\relax }}{24}{figure.caption.37}}
\newlabel{fichierweka}{{23}{24}{Fichier d'apprentissage pour les hexapodes\relax }{figure.caption.37}{}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {24}{\ignorespaces  Pourcentage d'instances bien class\IeC {\'e}es avec l'algorithme SVM\relax }}{25}{figure.caption.38}}
\newlabel{resultatSVM}{{24}{25}{Pourcentage d'instances bien classées avec l'algorithme SVM\relax }{figure.caption.38}{}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {25}{\ignorespaces  Pourcentage d'instances bien class\IeC {\'e}es avec l'algorithme Bayes Na\IeC {\"\i }f\relax }}{25}{figure.caption.39}}
\newlabel{resultatBayes}{{25}{25}{Pourcentage d'instances bien classées avec l'algorithme Bayes Naïf\relax }{figure.caption.39}{}}
\@writefile{toc}{\contentsline {paragraph}{Vertebratas}{25}{section*.40}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {26}{\ignorespaces  Vue arborescente au niveau Vertebrata\relax }}{25}{figure.caption.41}}
\newlabel{hexapoda}{{26}{25}{Vue arborescente au niveau Vertebrata\relax }{figure.caption.41}{}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {27}{\ignorespaces  Fichier d'apprentissage pour les vert\IeC {\'e}br\IeC {\'e}s\relax }}{26}{figure.caption.42}}
\newlabel{fichierweka}{{27}{26}{Fichier d'apprentissage pour les vertébrés\relax }{figure.caption.42}{}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {28}{\ignorespaces  Pourcentage d'instances bien class\IeC {\'e}es avec l'algorithme SVM\relax }}{26}{figure.caption.43}}
\newlabel{resultatSVM}{{28}{26}{Pourcentage d'instances bien classées avec l'algorithme SVM\relax }{figure.caption.43}{}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {29}{\ignorespaces  Pourcentage d'instances bien class\IeC {\'e}es avec l'algorithme Bayes Na\IeC {\"\i }f\relax }}{26}{figure.caption.44}}
\newlabel{resultatBayes}{{29}{26}{Pourcentage d'instances bien classées avec l'algorithme Bayes Naïf\relax }{figure.caption.44}{}}
\@writefile{toc}{\contentsline {section}{\numberline {4}Conclusion}{27}{section.4}}
\@writefile{toc}{\contentsline {section}{\numberline {A}Exemple d'une entr\IeC {\'e}e genbank}{28}{appendix.A}}
\newlabel{ex_Entree_Genbank}{{A}{28}{Exemple d'une entrée genbank}{appendix.A}{}}
\@writefile{toc}{\contentsline {section}{\numberline {B}Cas complexes}{30}{appendix.B}}
\newlabel{ex_Cas_Complexe}{{B}{30}{Cas complexes}{appendix.B}{}}
\@writefile{toc}{\contentsline {section}{\numberline {C}Arbre newick \IeC {\`a} partir des eucaryotes}{31}{appendix.C}}
\newlabel{ex_Arbre_Newick}{{C}{31}{Arbre newick à partir des eucaryotes}{appendix.C}{}}
\bibstyle{plain}
\bibdata{./biblio}
\bibcite{newick}{1}
\bibcite{taxonomy}{2}
\bibcite{complet}{3}
\bibcite{ncbi}{4}
\bibcite{autre}{5}
\bibcite{bdd}{6}
\bibcite{kmer}{7}
\@writefile{toc}{\contentsline {section}{\numberline {}Bibliographie}{33}{appendix.C}}
